稅務系統在查驗發票時，對于信息系統集成服務的發票會進行嚴格的審核。信息系統集成服務屬于現代服務業范疇，涉及軟件開發、系統設計、技術咨詢等多個環節，稅務部門會重點關注發票的真實性、合規性以及稅務處理是否符合規定。

具體而言，稅務系統查驗發票的方式包括：

1. 通過全國統一的電子發票平臺核實發票代碼、號碼及開票內容是否與稅務登記信息一致。
2. 檢查發票金額是否與信息系統集成服務的合同、付款憑證相匹配，防止虛開或偽造發票。
3. 確認服務內容是否真實發生，例如通過項目文檔、驗收報告等輔助材料驗證服務的實際提供情況。
4. 對于增值稅專用發票，系統會審核進項稅額的抵扣是否符合稅法規定，避免濫用稅收優惠政策。

企業若提供信息系統集成服務，應確保發票開具規范，包括準確填寫服務項目、稅率和金額，并及時上傳至稅務系統。同時，稅務部門可能結合大數據分析，對頻繁開票或異常交易進行重點監控，以防范稅收風險。

稅務系統對信息系統集成服務的發票查驗是全面而嚴格的，企業和個人需遵守相關法規，確保稅務合規。